လယ်ယာနှင့်သစ်တောဝန်ကြီးဌာနကို ဝန်ကြီးရုံး၊ စီမံကိန်းနှင့်စာရင်းအင်းဦးစီးဌာန၊ မြန်မာ့စိုက်ပျိုးရေးလုပ်ငန်း၊ မြန်မာ့သစ်လုပ်ငန်း၊ မြန်မာ့စိုက်ပျိုးမွေးမြူရေးလုပ်ငန်း၊ ဆည်မြောင်းဦးစီးဌာန၊ သစ်တောဦးစီးဌာန၊ ကြေးတိုင်နှင့် မြေစာရင်းဦးစီးဌာန၊ စက်မှုလယ်ယာဦးစီးဌာနနှင့် မြေတိုင်းဦးစီးဌာနတို့ဖြင့် ဦးစွာ ဖွဲ့စည်းခဲ့ပြီး ရန်ကုန်မြို့၊ သိမ်ဖြူလမ်း၊ ဗိုလ်တစ်ထောင်မြို့နယ်ရှိ ဝန်ကြီးများရုံးတွင် ရုံးတည်ရှိခဲ့ပါသည်။
ထို့နောက် ၁၉၈၉ ခုနှစ်၊ နိုဝင်ဘာလ ၁၈ ရက်နေ့တွင် ရန်ကုန်မြို့၊ ရန်ကင်းမြို့နယ်၊ သီရိမင်္ဂလာ လမ်းသွယ်၊ ကမ္ဘာအေးဘုရားလမ်း၊ မြေတိုင်းဦးစီးဌာနဝင်းအတွင်းရှိ အဆောက်အဦးသို့ ရုံး ပြောင်းရွှေ့ ဖွင့်လှစ်ခဲ့ပါသည်။
နိုင်ငံတော်ငြိမ်ဝပ်ပိပြားမှုတည်ဆောက်ရေးအဖွဲ့၏ ၁၉၉၂ ခုနှစ်၊ မတ်လ ၅ ရက် နေ့စွဲပါ အမိန့်ကြော်ငြာစာအမှတ် (၁၇/၉၂) ဖြင့် လယ်ယာနှင့်သစ်တောဝန်ကြီးဌာနကို သစ်တောရေးရာဝန်ကြီးဌာန (Ministry of Forestry) နှင့် လယ်ယာစိုက်ပျိုးရေး ဝန်ကြီးဌာနဟူ၍ ဝန်ကြီးဌာန ၂ ခု အဖြစ်သို့ ပြင်ဆင် ဖွဲ့စည်းခဲ့ပြီး သစ်တောရေးရာ ဝန်ကြီးဌာနလက်အောက်တွင် ဝန်ကြီးရုံး၊ စီမံကိန်းနှင့် စာရင်းအင်းဦးစီးဌာန၊ သစ်တောဦးစီးဌာနနှင့် မြန်မာ့သစ်လုပ်ငန်းတို့ ဖွဲ့စည်း ပါဝင်ခဲ့ပါသည်။
၁၉၉၇ ခုနှစ်၊ ဇွန်လ ၂၅ ရက်နေ့တွင် မြန်မာနိုင်ငံအလယ်ပိုင်း အပူပိုင်းဒေသအတွင်း စိမ်းလန်းစိုပြည်ရေးလုပ်ငန်းများကို ပိုမို ထိရောက်စွာ ဆောင်ရွက်နိုင်ရန်အတွက် ဌာနအသစ် အပူပိုင်းဒေသစိမ်းလန်းစိုပြည်ရေးဦးစီးဌာနကို တိုးချဲ့ ဖွဲ့စည်းခဲ့ကာ ယင်းဌာန၏ ညွှန်ကြားရေးမှူးချုပ်ရုံးကို မန္တလေးတိုင်းတွင် ဖွင့်လှစ်ထားရှိခဲ့ပါသည်။
၂၀၀၄ ခုနှစ်၊ သြဂုတ်လ ၁ ရက်နေ့တွင် သစ်တောရေးရာဝန်ကြီးဌာနအောက်ရှိ မြေတိုင်းဦးစီးဌာနအား လယ်ယာစိုက်ပျိုးရေးနှင့် ဆည်မြောင်းဝန်ကြီးဌာန အောက်သို့ လွှဲပြောင်းခဲ့ပြီးနောက် ၂၀၀၆ ခုနှစ်၊ ဖေဖော်ဝါရီလ ၁၇ ရက်နေ့တွင် သစ်တောရေးရာ ဝန်ကြီးဌာနကို နေပြည်တော်ရှိ အဆောက်အဦးအမှတ် (၂၈) သို့ ပြောင်းရွေ့ ဖွင့်လှစ်ခဲ့ ပါသည်။
၂၀၁၁ ခုနှစ်၊ စက်တင်ဘာလ ၆ ရက်နေ့မှစတင်၍ နိုင်ငံတော်သမ္မတရုံး၏ အမိန့် ကြော်ငြာစာအမှတ် (၈၃/၂၀၁၁) အရ သစ်တောရေးရာဝန်ကြီးဌာနကို ပတ်ဝန်းကျင် ထိန်းသိမ်းရေးနှင့် သစ်တောရေးရာဝန်ကြီးဌာန (Ministry of Environmental Conservation and Forestry) အဖြစ် အမည်ပြောင်းလဲ သတ်မှတ်ခဲ့ပါသည်။
၂၀၁၆ ခုနှစ် မတ်လ (၃၀)ရက် နေ့မှစတင်၍ ပြည်ထောင်စုသမ္မတမြန်မာနိုင်ငံတော်၊ နိုင်ငံတော်သမ္မတရုံး၏ ကြော်ငြာချက်အမှတ် (၁/၂၀၁၆) အရ သယံဇာတနှင့်သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ထိန်းသိမ်းရေးဝန်ကြီးဌာန (Ministry of Natural Resources and Environmental Conservation) အဖြစ် အမည်ပြောင်းလဲ သတ်မှတ်ခဲ့ပါသည်။